В Эстонии много малых рек, из них только девять имеют длину 100 км и более. Река Нарва (Нарова) — самая полноводная река Эстонии; относительно многоводна также реки Суур-Эмайыги, Пярну. Казари и некоторые другие. Реки Северной Эстонии, прорезая известняки и доломиты, образуют живописные водопады (на реках Нарве, Лообу, Валгейыги, Ягале, Кейле и др.). Многие реки Южной Эстонии также врезаются в коренные породы. На берегах Ахаья, Выханду, Пиуза и других встречаются живописные обнажения красноватого девонского песчаника. Половодье на эстонских реках наступает в период весеннего снеготаяния. Осенние дожди редко вызывают паводки.

Эстония богата озерами, их (вместе с водохранилищами) более 1150. Самые крупные водоемы — Чудское озеро (эстонское название Пейпси; площадь — 3555 кв. км, в пределах Эстонии — 1584 кв. км), оз. Выртсъярв (270 кв. км) и Нарвское водохранилище (200 кв. км, в пределах Эстонии — 40 кв. км). Большинство озер Эстонии занимают котловины ледникового происхождения. К ним относятся озера холмисто-моренных ландшафтов (например, оз. Пюхаярв, т. е. "святое озеро") и озера между озерами, конечными моренами и камовыми образованьями (в Куртна, Неэрути, Аэгвийду и Паункюла), а также продолговатые озера среди друмлинов (оз. Саадъярв) и долинные озера (оз. Вильянди и др.). На западном и северном побережьях много береговых (реликтовых) озер, образовавшихся в результате отступления моря. Много озер и среди болот. Уникально по метеоритному происхождению своей котловины небольшое озеро Каали на острове Сааремаа.

Воды рек и озер и в большом количестве также подземные воды используются для водоснабжения промышленных, сельскохозяйственных, коммунальных и других предприятий. При осушении избыточно увлажненных земель реки служат водоприемниками. Чудское озеро, озеро Выртсъярв, реки Суур-Эмайыги и Нарва (на отдельных участках) судоходны. Гидроэнергетические ресурсы рек Эстонии незначительны, более полвины из них падает на Нарву. Озера и реки Эстонии богаты рыбой. На их берегах много мест отдыха.